电子银行承兑汇票影响首先体现在以其低成本承兑的优势会对短期贷款产生挤出效应，即电子银行承兑汇票的签发会相应减少对短期贷款的需求，同时，电子银行承兑汇票作为票据货币，生成的主动权在于企业和商业银行，在其电子系统构建的信用环境下，具有很强的支付转让功能和流通性，据了解，相关部门预测每张电子银行承兑的平均转让次数将达30次，但是，未贴现的商业汇票游离于广义货币范畴之外，巨额的电子银行承兑汇票形成的虚拟货币将会对央行货币政策的传导机制产生一定的影响。
电子商业汇票系统对所有电子商业汇票集中登记托管，能够实现对商业汇票支付、融资行为的、及时、准确统计，了解资金的投向；通过对票据实际融资利率以及票据市场报价的统计监测，及时了解票据市场利率趋势，为利率市场化改革、为宏观经济决策提供基础数据和参考数据。
商业票据市场是货币市场的重要组成部分，央行在电子商业汇票系统中作为一个参与者，将增加以商业汇票再贴现与卖出的公开市场业务操作，由于商业汇票也是联结实体经济的一项重要金融工具，此举将能使央行的货币政策操作更快地传导到实体经济中去。
电子商业汇票系统的转贴现与再贴现业务处理平台，在现有央行、商业银行、财务公司为交易主体的基础上，今后若再引入保险、信托、基金、证券、金融资产管理公司等合格投资者，在品种上增加短期融资券等期限一年内的商业票据，此时电子商业汇票系统有望成为全国性的商业票据市场。