尽管回收拆解行业已形成一定规模，然而面临的困难不少。

大量报废车辆流入黑市，导致不少企业面临“吃不饱”的经营困境，发展受到制约。

另外，企业技术管理水平低，效益差，资金短缺，发展后劲不足。

此外，国家对回收拆解企业征收17%的增值税，由于无法获得进项抵扣发票，企业需按照销售额全额缴纳增值税，负担过重。

目前我国二手车交易量中私人用车占80%，其中小、微型非营运客车占有相当大的比重。新近出台的《机动车强制报废标准规定》，取消了小、微型非营运载客汽车的使用年限限制，并把累计行驶里程调整为引导报废的参考指标。在商务部的这位相关负责人看来，新规对二手车流通是个利好。他分析，排除了使用年限的影响，二手车的交易价格将更接近车辆的真实价值，从而推动交易量上升。

为了加快更新，中国出台了《老旧汽车报废更新补贴资金管理暂行办法》。对2004年报废的车辆，使用年限在8～10年之间的大型载货、大型载客汽车，补贴标准为每辆车人民币4 000元。2005年报废的车辆，使用年限在7～9年之间的大型载货、大型载客汽车的补贴标准为每辆车人民币4 000元；车长9米以上（含9米）且当年更新的汽车排放符合欧Ⅱ标准的城市公交车，补贴标准为每辆车人民币15 000元。

对于汽车报废回收来说，第三个难题就是市场管理混乱、缺乏有效的指导规范。虽然国家明令禁止，但包括“五大总成”在内的很多废旧汽车零部件依旧在市场上流通，而且呈现愈演愈烈的态势。这直接扰乱了报废汽车回收市场秩序，导致大量报废汽车零部件重新被装备到车上，变成一颗颗奔跑在路上的“定时炸弹”。