财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
代理记账机构的数量在不断增加，但整体规模普遍较小，代理业务范围不宽。真正能提供受托单位会计核算、税收筹划、纳税申报、内部审计、工商税务注册年检、财税咨询等会计服务的机构很少。
在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过低价进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。
一般，代理机构会提供以下业务：
1、整理原始单据、记账凭证；
2、出具财务报表（资产负债表、损益表）；
3、每月纳税申报及税款交纳，年度所得税汇算清缴；
4、新公司国地税报到等；
另外，有些机构可以提供免费的每月报税短信通知，邮件通知服务。