对于某些无法通过外观检查的部分以及PCB内部的通孔和其他内部缺陷，我们必须使用X射线透视检查系统 去检查。 X射线荧光透视系统使用不同的材料厚度或不同的材料密度来吸收X射线或通过不同的原理透射光。 此技术更多地用于检查PCBA焊点内部的缺陷，通孔内部的缺陷以及高密度封装BGA或CSP器件的缺陷焊点的位置。 当前的工业X射线荧光透视设备的分辨率可以达到小于一微米，并且它已经从二维成像设备转变为三维成像设备。 甚至五维（5D）设备都已用于包装检查，但是这种5D X荧光透视系统非常昂贵，很少在工业中得到实际应用。
切片分析是通过一系列方法和步骤（例如取样，镶嵌，切片，抛光，腐蚀， 和观察。 通过切片分析，您可以获得有关PCB微观结构的丰富信息（通孔，电镀等），这为下一步的质量改进提供了良好的基础。 但是，此方法具有破坏性。 切片后，样品将被销毁。 同时，该方法需要大量的样品制备，并且样品制备需要很长时间，这需要训练有素的技术人员来完成。 有关详细的切片过程，请参阅IPC-TM-650 2.1.1和IPC-MS-810过程。