北京大学肿瘤医院胃肠肿瘤中心二病区拥有的胃肠肿瘤诊疗和研究团队，比肩国际胃肠诊疗中心。共开放床位29张，专长于进展期胃肠肿瘤的手术和综合、早期胃癌的保留功能手术、低位直肠保肛手术等。主治病种包括胃癌、结直肠癌、胃肠道间质瘤和其他少见胃肠道肿瘤。在多学科讨论的基础上，为每一位患者制定和实施为合理的诊疗规划。在中心主任季加孚院长的直接领导下，科室秉承北京大学肿瘤医院的优良传统，追求，不断进步，在临床、科研、教学等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持稳健、严谨工作作风的同时，走上了高速发展的快车道。科室人员结构：1、人员构成：主任医师3人，副主任医师6人，主治医师7人，住院医师2人，护理人员17人。2. 科室主要领导：胃肠肿瘤中心主任季加孚，科主任步召德，护士长赵旻。
科室特色包括：微创手术、外科、疑难手术、功能保留手术、快速康复、病人全程管理。
肿瘤妇科现有床位32张，医护人员20人，其中副主任医师以上医师3人，承担着医疗、教学和科研工作。
主要诊治妇科各种良、恶性肿瘤，包括卵巢、子宫体、宫颈、阴道和外阴的良恶性肿瘤等。开展全子宫切术、附件切除术、子宫广泛性切除及次广泛切除术、卵巢癌减瘤术、阴式子宫切除术、宫腔镜、腹腔镜手术及LEEP刀宫颈锥切术。以妇科肿瘤的综合为特色，强调个体化综合方案，擅长难治性或复发妇科恶性肿瘤的。主要特色包括：
1. 擅长难治性或复发妇科恶性肿瘤的。依据患者病情，合理地应用手术、化疗、放疗、介入和生物等手段，制定个体化方案，延长患者的生存期，提高患者的生活质量。
2. 顺应微创外科的潮流，积极开展微创手术，包括腹腔镜下广泛子宫切除、盆腔淋巴结清扫术、宫腔镜下肿瘤切除术、宫颈LEEP刀锥切术、子宫内膜热球、阴式子宫切除术等。在保证效果的同时，减轻患者的痛苦，缩短术后恢复时间。
3. 与肿瘤内、外科专业组密切合作，对消化道恶性肿瘤的卵巢转移以及乳腺癌内分泌后的妇科问题采取有力的措施进行，取得了一定的效果。
肿瘤妇科的全体医护人员继承老一代艰苦创业、科学求实的学风，坚持以病人为中心，规范医疗行为，保障医疗，降低医疗费用，提高医疗质量，以高水平的医疗技术和体贴周到的服务，让患者得到满意的效果。
乳腺肿瘤内科是以进展期乳腺癌诊治为主的专科临床科室，现有主任医师3名，副主任医师1名，主治医师5名，住院医师2名，临床护士20名，开放床位33张。科室以乳腺癌综合为重点，包括化疗、内分泌、靶向等，强调规范化基础上的个体化，尤其对于复发转移性乳腺癌的更有丰富的经验和独到的见解，诊治水平在国内享有盛誉，是NCCN乳腺癌指南中国版内科部分执笔人之一，主持和参与多项国内外临床试验。乳腺肿瘤内科近5年主持或参与完成了多项国家自然科学基金、国家973项目分课题、北京市新世纪百千万人才工程、首都医学发展科研基金、教育部高等学校博士学科点专项科研基金、北京市卫生系统高层次人才培养计划、国家“十二五”重大专项课题。发表文章百余篇，其中SCI文章三十余篇。
北京大学肿瘤医院胸部肿瘤内一科（原胸部肿瘤内科）是以肺癌诊治为主、具有深厚沉淀、传承并不断发展的研究型临床专科，多年来一直致力于中晚期肺癌规范化、个体化内科和多学科综合及相关转化研究。现有病床36张，医护人员30名。10名医生中高级职称医师6名，中级职称医师3名，初级职称医师1名，几乎所有医生均具有硕士或博士研究生学历，3人具有国内外博士后研究经历。护士队伍中，主管护师4名，护师8名，本科及以上学历8名。共同组成一支高素质、高学历、具有丰富临床和研究经验、充满蓬勃朝气和积极进取的医护团队，医教研综合实力达国内水平。