曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
在医疗实践的同时，曾学军教授致力于临床医学教育，任美国内科医师学会（ACP）Fellow、美国医学研究所（IOM）中国医学教育代表。曾荣获北京市高等教育改革二等奖、 “住院医师心中好老师”、北京市师德先进个人、北京协和医学院教学名师等荣誉，带领普通内科获得2015年北京协和医学院教学团队称号。2019年2月入选十大社区健康促进首 席专家。
近年来，得益于国家对风湿免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撑计划/863项目、自身免疫性疾病新药临床评价研究技术平台科技重大专项、卫计委行业科研专项等支持下，以北京协和医院牵头，联合全国近800家风湿病诊治中心，已初步形成系统性红斑狼疮研究协作组（CSTAR）和国家风湿病数据中心（CRDC）的研究网络，成为国内的风湿病研究协作组织，创建了中国风湿病信息数据库、生物样本库（CRIP）和规范化培训和多学科交流平台（CREP），启动了中国风湿病学界的多中心协作研究，发布了中国风湿病学界的规范化诊治共识。
今天的北京协和医院风湿免疫科，是医疗、教学、科研齐头并进的科室典范，连续12年蝉联复旦版《中国医院专科声誉排行榜》风湿专科榜首，连续9年在《中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）》风湿病学与自体免疫病学中排名第 一，是中国风湿病学领域当之无愧的“领头羊”。