北大六院建立了以院士、长江学者、国家杰出青年基金获得者、“973”计划首席科学家、教育部新世纪人才、国家青年科学基金获得者、博士研究生导师等为学术带头人、中青年科研人员为骨干的临床及基础研究队伍，形成了以心身医学、生物精神病学、社会精神病学、儿童精神病学、临床精神病学、精神药理学六个领域为方向的科研团队。历年来我院承担多项国 家级、省部级和国际合作项目，并获多项重大科研奖励。
2014年10月23日，北京大学第六医院被科技部、国家卫健委和总后勤部卫生部正式认定为国家精神心理疾病临床医学研究中心。由北京大学第六医院牵头并联合北京大学心理与认知科学学院、中国依赖性研究所等共建单位共同组建的国家精神心理疾病临床医学研究中心，旨在针对临床研究瓶颈问题，开拓临床研究创新体系，建立以多目标、多任务研究方案为基础的新型临床研究模式;构建规范化、高质量的协同研究网络和多中心研究平台，开展多中心、大规模、高质量的精神心理疾病临床研究，提高全国精神心理疾病预防、诊断、治 疗和康复的综合服务水平，切实解决临床关键问题。
在精神药理学研究领域，药理研究室结合基础与临床资源，开展精神疾病的新药研发、病理机制及其临床学研究工作。在情感障碍研究方向，采用先进的分子遗传学、神经生物学、精神药理学及功能影像学等技术或理论，对情感障碍进行系列开拓性研究，并取得重要成果。
北京大学第六医院的老院（简称“北大六院”）坐落在花园北路，和旁边的北医三院相比，显得十分狭小。然而，这里却是精神专科医院的医院之一，收治来自全国的精神科疑难杂症，也是临床医学生进一步选择精神科专业的学习首府。